Na primeira das vertentes, está em curso o reforço da estrutura da igreja e a reabilitação e beneficiação das coberturas. Nesta vertente, a intervenção estrutural visa corrigir deficiências do comportamento esperado em caso de sismo, detetadas através de estudos realizados pelo Departamento de Engenharia Civil do Instituto Superior Técnico, enquanto a intervenção nas coberturas vai melhorar a respetiva impermeabilidade e isolamento térmico. Na segunda vertente, a intervenção centra-se na conservação e restauro do património integrado, nomeadamente as superfícies de pedra, a escultura, a pintura mural e de cavalete. Esta vertente abrange a emblemática Capela dos Ossos.
A intervenção resulta da iniciativa da Fábrica da Igreja Paroquial da Freguesia de S. Francisco, liderada pelo Cónego Manuel Ferreira, e foi confiada a um consórcio entre a Stap e a Monumenta, duas empresas associadas do GECoRPA - Grémio do Património e que constituem o Grupo Stap.
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