A classificação do edifício modernista, projetado em 1932 pelo arquiteto Cottinelli Telmo, poderá conduzir à sua reabilitação para fins turísticos. A Associação de Turismo de Lisboa, uma organização que reúne várias entidades públicas e privadas, sob a tutela da Câmara Municipal de Lisboa, poderá assumir responsabilidade pela gestão do edifício, tendo por base o interesse cultural e histórico da estação.

Inicialmente, a recuperação do edifício, encerrado ao público em 2008, estaria a cargo do Metropolitano de Lisboa, que teve acesso a fundos comunitários para construir uma nova estação fluvial e reabilitar a antiga. No entanto, a transportadora afirma não ter meios para financiar a obra, orçada em onze milhões de euros, assumindo, até, a possibilidade de vir a abandonar definitivamente a construção.

A Estação Fluvial Sul e Sueste continua, por agora, encerrada ao público e coberta de andaimes, destituída dos painéis de azulejo com os brasões de várias cidades alentejanas e algarvias que decoravam o seu átrio. A estação foi projetada como o terminal de Lisboa para as regiões Sul e Sueste de Portugal e, segundo a DGPC, foi a primeira estação portuguesa a aderir ao movimento moderno, reunindo influências da art-déco e uma estrutura que permite a livre circulação dos utilizadores.